Prima non funzionava perché avevano scodificato la centralina probabilmente perché avranno rifatto delle chiavi e non riuscivano a farle apprendere o perché avevano cambiato la centralina motore, quindi non perché fosse guasto. Avendo preso acqua si sarà invece guastato e non ti fa entrare in diagnosi. Comunque uno usato non dovrebbe costare tanto, per cui secondo ma vale la pena fare questo tentativo per avere di nuovo pieno accesso alla diagnosi.
P.S. In ogni caso chiedi a chi ha fatto il lavoro alla centralina se sostituendo l'immobilizer avrai problemi con l'avviamento del motore.